NMS har arbeidet i Japan siden 1951. Oppstarten hadde sammenheng med at det ble umulig å fortsette arbeidet i Kina på grunn av kulturrevolusjonen som medførte at misjonærene der måtte ut av landet. Etter hvert ble det bestemt å sende misjonærer til Japan. De samarbeidet med andre misjonsorganisasjoner som hadde etablert seg der noe tidligere.